Dokument: Auf zu einem effektiven management von biologischen Daten
| Titel: | Auf zu einem effektiven management von biologischen Daten | |||||||
| Weiterer Titel: | Towards an efficient management of biological data | |||||||
| URL für Lesezeichen: | https://docserv.uni-duesseldorf.de/servlets/DocumentServlet?id=7809 | |||||||
| URN (NBN): | urn:nbn:de:hbz:061-20080514-101007-5 | |||||||
| Kollektion: | Dissertationen | |||||||
| Sprache: | Englisch | |||||||
| Dokumententyp: | Wissenschaftliche Abschlussarbeiten » Dissertation | |||||||
| Medientyp: | Text | |||||||
| Autor: | Kohl, Jochen [Autor] | |||||||
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| Beitragende: | Prof. Dr. Haeseler, Arndt von [Gutachter] Prof. Dr. Lercher, Martin [Gutachter] | |||||||
| Stichwörter: | HvrBase HvrBase++ TreeDB HVR hypervariable region mitochondria database databank | |||||||
| Dewey Dezimal-Klassifikation: | 500 Naturwissenschaften und Mathematik » 570 Biowissenschaften; Biologie | |||||||
| Beschreibungen: | Diese Arbeit befaßt sich mit dem Management von biologischen Daten. Dazu wurde die bereits existierende mitochondriale Nukleotidsequenzdatenbank HvrBase auf ihre Schwachstellen hin analysiert. Die Datenbank wurde entsprechend neu entwickelt und trägt den Namen HvrBase++. Die gewonnenen Erkenntnisse aus diesem speziellen Fall wurden genutzt, um ein allgemeines Sequenzmanagementprogramm für Biologen zu entwickeln. Dieses
trägt den Namen TreeDB und soll den Biologen den täglichen Umgang mit biologischen Sequenzdaten erleichtern.This thesis focuses on the management of biological data and is divided into two parts. The first part deals with the extension and enhancement of a mitochondrial database, called HvrBase. This database handles DNA sequences from two regions of the mitochondrial genome, hypervariable region I and II, and corresponding information required for phylogenetic studies of human evolution. To follow trends in evolution history the structure of HvrBase is re-designed to add further genetic loci and to provide new features, like a dynamic tree reconstruction and visualization tool. The improved version is called HvrBase++. Based on the experiences made with HvrBase++, a general web application is developed to give biologists the opportunity to establish their own sequence collections without deeper knowledge about database design. The challenge, in contrast to the well defined and slowly changing HvrBase++, is that the application and the database design do not restrict and support scientists to define their own related sequence information. Hence, an RDF (resource description framework) like structure was implemented to solve this problem. | |||||||
| Lizenz: |  Urheberrechtsschutz | |||||||
| Fachbereich / Einrichtung: | Mathematisch- Naturwissenschaftliche Fakultät » WE Informatik » Bioinformatik | |||||||
| Dokument erstellt am: | 07.05.2008 | |||||||
| Dateien geändert am: | 07.05.2008 | |||||||
| Promotionsantrag am: | 19.02.2008 | |||||||
| Datum der Promotion: | 30.04.2008 |
