Dokument: Etablierung einer Genotyp unabhängigen Amplifikation der Hepatitis C Virus NS5A Region zur simultanen Genotypisierung und Resistenztestung
| Titel: | Etablierung einer Genotyp unabhängigen Amplifikation der Hepatitis C Virus NS5A Region zur simultanen Genotypisierung und Resistenztestung | |||||||
| Weiterer Titel: | Establishment of a genotype independent amplification of the hepatitis C virus NS5A region for simultaneous genotyping and resistance testing. | |||||||
| URL für Lesezeichen: | https://docserv.uni-duesseldorf.de/servlets/DocumentServlet?id=61532 | |||||||
| URN (NBN): | urn:nbn:de:hbz:061-20230103-105958-4 | |||||||
| Kollektion: | Dissertationen | |||||||
| Sprache: | Deutsch | |||||||
| Dokumententyp: | Wissenschaftliche Abschlussarbeiten » Dissertation | |||||||
| Medientyp: | Text | |||||||
| Autor: | Ennker, Kim Sophie Carolin [Autor] | |||||||
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| Beitragende: | Prof. Dr. med. Jörg Timm [Gutachter] Keitel-Anselmino, Verena [Gutachter] | |||||||
| Stichwörter: | Hepatitis C NS5A Resistenztestung | |||||||
| Dewey Dezimal-Klassifikation: | 600 Technik, Medizin, angewandte Wissenschaften » 610 Medizin und Gesundheit | |||||||
| Beschreibungen: | Eine chronische Infektion mit dem Hepatitis C-Virus (HCV) ist eine Erkrankung, die unbehandelt zu schwerwiegenden Lebererkrankungen und zum Tod führen kann. Laut Weltgesundheitsorganisation (WHO) sind weltweit ca. 58 Millionen Menschen chronisch infiziert.
Die Zulassung von direct-acting antivirals (DAA) revolutionierte die bisherige HCV-Therapie und ermöglichte, bei verkürzter Therapiedauer und reduziertem Nebenwirkungsprofil, Virusheilungsraten von >95%. Trotz der hohen Effektivität der antiviralen Therapie gegen alle HCV-Genotypen, ist die Bestimmung des Genotyps für die Therapieplanung weiterhin von Bedeutung. Darüber hinaus spielen Resistenz-assoziierte Substitutionen (RAS) im Nichtstrukturprotein 5A (NS5A) des HCV-Replikationskomplexes eine Rolle, indem sie die Effektivität einer Therapie einschränken können. Obwohl in allen derzeit zugelassenen DAA-Kombinationstherapien NS5A-Inhibitoren integriert sind, werden Resistenztestungen nicht routinemäßig durchgeführt. Zur optimalen Therapiefindung einer genotypisch angepassten Medikamentenkombination wäre eine kombinierte Bestimmung des HCV-Genotyps mit einer Resistenzanalyse der NS5A-Region von Interesse, was jedoch bisher nicht im Rahmen der aktuellen Standarddiagnostik erfolgt. Ziel dieser Dissertationsarbeit war die Etablierung einer pan-genotypischen HCV-NS5A Amplifikationsmethode mit dem Fokus auf einer zuverlässigen Genotypisierung und simultanen Resistenztestung für eine schnellere und wirtschaftlichere Routinediagnostik. Hierzu wurden pan-genotypisch degenerierte PCR-Primer für die Genotypen 1-7 entworfen und bei 262 HCV-Patienten getestet. Im Vergleich mit der bisher genutzten Genotypisierung basierend auf der Core-Region erzielte die Genotypisierung mittels NS5A-Sequenzierung eine hohe Übereinstimmung von 97,3%. Resistenzen in NS5A (RAS’s) konnten unter der Verwendung des Algorithmus Geno2Pheno[HCV] bei 23 von 257 Patienten (8,9%) ermittelt werden.A chronic hepatitis C Virus (HCV) infection is a serious disease which, if left untreated, can lead to severe liver disease and death. According to the World Health Organization (WHO) presently, 58 million people worldwide are chronically infected. The approval of direct-acting antivirals (DAA) revolutionized the previous HCV treatment regimens, achieving viral cure rates of more than 95% with a shorter treatment duration and a reduced side effect profile. However, effective antiviral therapy in certain patient populations continues to be a major challenge. Based on the high viral heterogeneity, misidentified HCV genotypes and the increased occurrence of resistance-associated substitutions (RAS) in the non-structural protein 5A (NS5A) of the HCV replication complex. RAS in particular can limit the effectiveness of a therapy. Although NS5A inhibitors are the backbone of all currently approved DAA combination therapies, resistance tests are not routinely carried out. For optimal treatment management, correct identification of the HCV genotype is required ideally combined with genotypic resistance testing of the NS5A region, however, this is currently not done within the framework of standard diagnostics. The aim of this thesis was to establish a pan-genotypic HCV-NS5A amplification method with a focus on reliable genotyping and simultaneous resistance testing for a faster and more economical diagnostic method. For this purpose, pan-genotypically degenerated PCR primers for genotypes 1-7 were designed and tested in 262 HCV patients. Compared to the previously genotyping procedure based on sequencing of the core region, genotyping by NS5A sequencing achieved a high concordance of 97,3%. Resistance in NS5A (RAS's) could be detected in 23 of 257 patients (8.9%) using the algorithm Geno2Pheno [HCV]. | |||||||
| Lizenz: |  Dieses Werk ist lizenziert unter einer Creative Commons Namensnennung 4.0 International Lizenz | |||||||
| Bezug: | 2017 - 2022 | |||||||
| Fachbereich / Einrichtung: | Medizinische Fakultät | |||||||
| Dokument erstellt am: | 03.01.2023 | |||||||
| Dateien geändert am: | 03.01.2023 | |||||||
| Promotionsantrag am: | 16.05.2022 | |||||||
| Datum der Promotion: | 29.11.2022 |
