Dokument: Reverse Transkription des gesamten Hepatitis-C-Virus-Genoms unabhängig vom Genotyp zur kombinierten Genotypisierung und Resistenztestung
| Titel: | Reverse Transkription des gesamten Hepatitis-C-Virus-Genoms unabhängig vom Genotyp zur kombinierten Genotypisierung und Resistenztestung | |||||||
| Weiterer Titel: | A genotype independent, full-genome reverse-transcription protocol for combined genotyping and resistance testing of the hepatitis C virus | |||||||
| URL für Lesezeichen: | https://docserv.uni-duesseldorf.de/servlets/DocumentServlet?id=55977 | |||||||
| URN (NBN): | urn:nbn:de:hbz:061-20210419-111142-8 | |||||||
| Kollektion: | Dissertationen | |||||||
| Sprache: | Deutsch | |||||||
| Dokumententyp: | Wissenschaftliche Abschlussarbeiten » Dissertation | |||||||
| Medientyp: | Text | |||||||
| Autor: | Bergmann, Matthias [Autor] | |||||||
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| Beitragende: | Prof. Dr. Timm, Jörg [Gutachter] Prof. Dr. Henrich, Birgit [Gutachter] | |||||||
| Stichwörter: | Hepatitis C virus, HCV, Genotypisierung, Resistenztestung | |||||||
| Dewey Dezimal-Klassifikation: | 600 Technik, Medizin, angewandte Wissenschaften » 610 Medizin und Gesundheit | |||||||
| Beschreibungen: | Hepatitis C ist eine der häufigsten Infektionserkrankungen weltweit und ist mit schwerwiegenden Folgeerkrankungen assoziiert, wie z.B. Leberzirrhose, Hepatozellulärem Karzinom und Leberversagen. Adäquate Diagnostik und Behandlung haben daher einen hohen Stellenwert in der Bekämpfung der Hepatitis C. Die Zulassung der direct-acting antivirals (DAA) zur kurativen Therapie der chronischen Hepatitis C revolutionierte die Behandlung durch eine deutlich kürzere Therapiedauer, signifikant weniger und mildere Nebenwirkungen als bisherige Therapien, sowie Heilungsraten von mehr als 90%. Nichtsdestotrotz spielt die HCV-Genotypisierung nach wie vor eine wichtigeRolle bei der Wahl der richtigen Therapiepräparate, ebenso wie die Untersuchungauf Resistenzen, welche ein Ansprechen auf die Therapie verhindern können. Ziel dieser Dissertation war die Optimierung des diagnostischen Ablaufs vor Therapiebeginn, um Kosten und Zeit bei der HCV-Genotypisierung und HCV-Resistenztestung einzusparen.
Aus Patientenproben gewonnene HCV-RNA wurde in einem ersten Schritt mittels ReverserTranskription (RT) in cDNA umgeschrieben. Das DNA-Produkt diente anschließend als PCR-Substrat für alle weiteren diagnostischen Schritte. Im Fokus der Arbeit stand die Testung verschiedener RT-Primer und RT-Primerkombinationen, die eine möglichst universelle Transkription der HCV-RNA in cDNA gewährleisten sollten. Im Verlauf dieser Arbeit ist es mir gelungen, alle für die HCV-Genotypisierung und HCV-Resistenztestung relevanten RNA-Abschnitte in einem initialen Schritt in cDNA umzuschreiben. Die dabei transkribierte DNA konnte daraufhin als Matrize für die Genotypisierung verwendet werden. Darüber hinaus kann sie auch zu späteren Zeitpunkten erneut für diagnostische Untersuchungen, wie die Testung auf Resistenzen bei Therapieversagen, herangezogen werden. Die erfolgreiche Etablierung des vereinfachten Untersuchungsprotokolls für die Genotypisierung und Resistenztestung von HCV-RNA ermöglicht eine kostengünstigere und zeitsparendere Diagnostik von HCV-Patientenproben im Vergleich zu zuvor etablierten diagnostischen Protokollen. Das zunächst erzeugte Zwischenprodukt aus cDNA ist deutlich stabiler in der Lagerung als HCV-RNA und kann unter Einsparung von weiterenRT-Reaktionen jederzeit direkt für weitere Untersuchungen herangezogen werden.Hepatitis C is one of the most common infectious diseases worldwide. Its sequelae can lead to severe complications, including liver cirrhosis, hepatocellular carcinoma, and liver failure. Adequate diagnostics and treatment are therefore crucial in reducing the burden of hepatitis C. After the approval of direct-acting antivirals (DAA) for curative treatment of chronic hepatitis C, the management of patients with hepatitis C changed drastically. The new medications allowed for a significantly reduced duration of treatment, fewer and lighter adverse effects compared to other therapy regimens, and success rates of more than 90%. Nevertheless, HCV genotyping and HCV resistance testing are still crucial for choosing the appropriate drug regimens and in order to avoid treatment failure. The objective of this dissertation was to facilitate the diagnostic workflow before initiating HCV therapy in order to reduce both costs and hands-on time during HCV genotyping and HCV resistance testing. In a first step, HCV-RNA from a patient sample was transcribed into cDNA using reverse transcription (RT). The resulting cDNA product served as the PCR substrate for all following diagnostic steps. The focus of the work was testing different RT primers and RT primer combinations that would allow for the transcription of all diagnostically relevant HCV-RNA sections into cDNA. I successfully implemented a new protocol for HCV genotyping and HCV resistance testing with a single initial RT reaction. During this first step, all HCV-RNA sections of interest were transcribed into cDNA. The cDNA was subsequently used as a template for genotyping as well as resistance testing which can be conducted immediately following the RT reaction or at a later point in time, e.g., after initial therapy failure. The simplified protocol for HCV genotyping and HCV resistance testing from HCV-RNA is a cost-effective and time-saving alternative to common diagnostic protocols. Moreover, the cDNA that is obtained in the first step is considerably more stable than HCV-RNA when being stored. At any time, it can directly be used for further diagnostics without the need for repeated RT reactions. | |||||||
| Lizenz: |  Urheberrechtsschutz | |||||||
| Fachbereich / Einrichtung: | Medizinische Fakultät | |||||||
| Dokument erstellt am: | 19.04.2021 | |||||||
| Dateien geändert am: | 19.04.2021 | |||||||
| Promotionsantrag am: | 30.08.2020 | |||||||
| Datum der Promotion: | 30.03.2021 |
