Dokument: Evaluation einer molekulargenetischen Methode zum Nachweis bakterieller Erreger aus primär sterilen Patientenmaterialien

Titel:	Evaluation einer molekulargenetischen Methode zum Nachweis bakterieller Erreger aus primär sterilen Patientenmaterialien
URL für Lesezeichen:	https://docserv.uni-duesseldorf.de/servlets/DocumentServlet?id=49977
URN (NBN):	urn:nbn:de:hbz:061-20190624-104830-5
Kollektion:	Dissertationen
Sprache:	Deutsch
Dokumententyp:	Wissenschaftliche Abschlussarbeiten » Dissertation
Medientyp:	Text
Autor:	Steindor, Luisa [Autor]
Dateien:	[Dateien anzeigen] Adobe PDF [Details] 651,8 KB in einer Datei [ZIP-Datei erzeugen] Dateien vom 21.06.2019 / geändert 21.06.2019
Beitragende:	Prof. Dr. MacKenzie, Colin [Gutachter] Prof. Dr. med. Sellin, Lorenz [Gutachter]
Dewey Dezimal-Klassifikation:	600 Technik, Medizin, angewandte Wissenschaften » 610 Medizin und Gesundheit
Beschreibungen:	Bakterielle Infektionen in primär sterilen Kompartimenten des Körpers sind eine häufig auftretende Problematik im klinischen Alltag. Viele daraus resultierende Krankheitsbilder dieser Gruppe weisen hohe Morbiditäts- und Mortalitätsraten auf. Entscheidend für das outcome der Patienten ist dabei die korrekte und zeitnahe Identifikation des ursächlichen Pathogens, die die Voraussetzung für die schnellstmögliche Einleitung einer gezielten antibiotischen Therapie schafft. Das kulturelle Anzüchten von Bakterienspezies stellt immer noch den Goldstandard unter den mikrobiologischen Nachweismethoden dar. In dieser Studie sollte untersucht werden, ob das GenoType-Verfahren der Firma Hain Lifescience (Nehren, Deutschland) zum Nachweis von Erregern aus primär sterilen Patientenproben geeignet ist. Ursprünglich wurde das GenoType-Verfahren für den Nachweis von Erregern aus Blutkulturen konzipiert und ist in diesem Bereich bereits in die Routine von mikrobiologischen Laboratorien integriert. Bei dem GenoType-Verfahren handelt sich um ein multiplex PCR-Verfahren mit anschließender Speziesidentifikation mittels reverser Hybridisierung und line-blotting. Zum Vergleich wurde eine 16S broad-range PCR mit darauffolgender Sequenzierung nach Sanger herangezogen. Als Referenzmethode diente die Kultur. Der GenoType wies in der vorliegenden Studie eine Sensitivität von 67,2 % und eine Spezifität von 80,4 % auf. Damit war er der studieninternen 16S broad-range PCR in der Sensitivität deutlich überlegen (GT: 67,2 % vs. 16S: 32,8 %), zeigte aber eine geringere Spezifität (GT: 80,4 % vs. 16S: 92,8 %). Ein Grund für die niedrige Sensitivität und Spezifizität könnte vor allem die hohe Kontaminationsanfälligkeit sein. Auch bei der Praktikabilität weist das GenoType-Verfahren vor allem in den Arbeitsschritten der DNA-Aufreinigung und der Speziesidentifikation Defizite auf. Für die Integration in die Routine von mikrobiologischen Laboratorien für andere Materialien als positive Blutkulturen (für die es zuverlässige Ergebnisse liefert) scheint das GenoType-Verfahren anhand unserer Studienergebnisse nicht geeignet. Dennoch muss eine höhere Sensitivität von PCR-basierten Verfahren bei bestimmten Bakterienspezies diskutiert werden. Zur abschließenden Beurteilung der vielen positiven Ergebnisse bedürfte es allerdings anderer Studiendesigns, die sowohl die mikrobiologischen Ergebnisse als auch die klinischen und laborchemischen Parameter der Patienten interdisziplinär zusammenführen. Bacterial infections in primarily sterile sites are a frequently encountered clinical condition often causing severe bacterial infections, which significantly contribute to morbidity and mortality worldwide. Rapid and accurate detection of pathogens allows early targeted therapy and improves patient outcome. Cultivation of bacterial species remains the gold standard for microbiological diagnosis of infection. This study investigates the usefulness of the GenoType method from Hain Lifescience (Nehren, Germany), which is primarily aimed at identifying the organism in positive blood culture bottles, in detecting the causative organism in primary specimens obtained from anatomically sterile sites. This is a multiplex PCR method with a subsequent line-blot identification step. The reference method was routine culture and, in addition, an in-house 16S broad range PCR was used as a comparison method. The GenoType investigated in this study demonstrated a sensitivity of 67.2 % and specificity of 80.4 % and in comparison, the 16S broad range PCR had a sensitivity and specificity of 32.8 % and 92.8 % respectively. A possible explanation for the low sensitivity and specificity could be the high contamination rate whereby the DNA extraction and species identification (hybridization) steps were prone to contamination errors. Overall it appears that the method is not suitable for use in the routine diagnostic of specimens from sterile site other than blood cultures, for which it has a proven value. Nevertheless, a generally higher sensitivity and specificity for PCR-based methods requires further evaluation and discussion. A comprehensive evaluation of the results would require a more extensive study design including clinical and other laboratory parameters.
Lizenz:	Urheberrechtsschutz
Fachbereich / Einrichtung:	Medizinische Fakultät
Dokument erstellt am:	24.06.2019
Dateien geändert am:	24.06.2019
Promotionsantrag am:	13.11.2018
Datum der Promotion:	19.06.2019