Dokument: Detektion und Validierung sporadischer Splice-Ereignisse in Transkriptom Sequenzierungs-Daten
| Titel: | Detektion und Validierung sporadischer Splice-Ereignisse in Transkriptom Sequenzierungs-Daten | |||||||
| URL für Lesezeichen: | https://docserv.uni-duesseldorf.de/servlets/DocumentServlet?id=46229 | |||||||
| URN (NBN): | urn:nbn:de:hbz:061-20180613-133758-7 | |||||||
| Kollektion: | Dissertationen | |||||||
| Sprache: | Deutsch | |||||||
| Dokumententyp: | Wissenschaftliche Abschlussarbeiten » Dissertation | |||||||
| Medientyp: | Text | |||||||
| Autor: | Dr. Kaisers, Wolfgang [Autor] | |||||||
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| Beitragende: | Prof. Dr. Lercher, Martin [Gutachter] Prof. Dr. Schaal, Heiner [Gutachter] | |||||||
| Stichwörter: | splicing, alternative splicing, splice-sites, validation, gqs, wgis | |||||||
| Dewey Dezimal-Klassifikation: | 000 Informatik, Informationswissenschaft, allgemeine Werke » 004 Datenverarbeitung; Informatik | |||||||
| Beschreibungen: | Vor der Translation wird die prä mRNA fast aller eukaryotischer Gene im Zellkern gespleißt. Dabei werden intronische Sequenz-Abschnitte entfernt. Spleißvorgänge werden durch ein komplexes Netzwerk, bestehend aus einer Vielzahl
interagierender Faktoren, reguliert. Für die Analyse von Spleißvorgängen ist die Transkriptom Sequenzierung (RNAseq) ein etablierter Standard. Infolge der Entfernung intronischer Sequenzsegmente finden sich Lücken (Alignment Gaps) in genomischen Alignmnents von RNAseq-Daten. Identische Alignment Gaps in (meist mehreren) Alignments werden zu Gap-Sites zusammengefasst und repräsentieren potenzielle Speißstellen. Da ungefilterte Gap-Sites mit einer beträchtlichen False Discovery Rate behaftet sind, ist eine zusätzliche Validierung notwendig. Zwei Gap-Site validierende Scores, der Gap-Quality-Score (gqs) und der Gewichtete-Gap-Informations-Score (wgis), werden in dieser Arbeit vorgestellt. Während der gqs ausschließlich Alignment Daten in die Validierung einbezieht, beurteilt wgis auch die Spleißstellenstärke anhand der genomischen DNA Sequenz.In general, primary eukaryotic messenger RNA is spliced before translation, a nuclear process resulting in removal of intronic sequence segments. The splicing process is regulated by a complex network consisting of a large variety of interacting factors. For analysis of splicing processes, transcriptome sequencing (RNAseq) has become an established standard. Genomic alignments of RNAseq data contain gapped alignments which are interpreted as consequence of intron removal. Alignment gap locations, possibly shared by multiple alignments, define gap-sites, landmarks representing potential splice-sites. As current alignment algorithms report gap-sites with a considerable false discovery rate, validations are required. Two quality scores, gap quality score (gqs) wgis, and weighted gap information score (wgis) developed for validation of putative splicing events, are described here. While gqs solely relies on alignment data, wgis additionally considers information on splice-site strength from the genomic sequence. Statistical properties of gap-sites validated by gqs and wgis are evaluated by ther sequence similarity to known exon-intron borders. | |||||||
| Lizenz: |  Urheberrechtsschutz | |||||||
| Fachbereich / Einrichtung: | Mathematisch- Naturwissenschaftliche Fakultät » WE Informatik » Bioinformatik | |||||||
| Dokument erstellt am: | 13.06.2018 | |||||||
| Dateien geändert am: | 13.06.2018 | |||||||
| Promotionsantrag am: | 11.04.2018 | |||||||
| Datum der Promotion: | 12.06.2018 |
