Dokument: Bestimmung der Sekundaerstruktur von RNA Alignments und ihren Baeumen

Titel:Bestimmung der Sekundaerstruktur von RNA Alignments und ihren Baeumen
Weiterer Titel:Inferring Secondary Structure from RNA Alignment und their Trees
URL für Lesezeichen:http://docserv.uni-duesseldorf.de/servlets/DocumentServlet?id=5049
URN (NBN):urn:nbn:de:hbz:061-20070703-090944-4
Kollektion:Dissertationen
Sprache:Englisch
Dokumententyp:Wissenschaftliche Abschlussarbeiten » Dissertation
Medientyp:Text
Autor: Schlegel, Thomas [Autor]
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Dateien vom 03.07.2007 / geändert 03.07.2007
Beitragende:Prof. Dr. Haeseler, Arndt von [Gutachter]
Prof. Dr. Lercher, Martin [Gutachter]
Stichwörter:Secondary Structure, Statistical Test, RNA Alignment,
Dewey Dezimal-Klassifikation:000 Informatik, Informationswissenschaft, allgemeine Werke » 004 Datenverarbeitung; Informatik
Beschreibungen:Viele biologische Sequenzen, wie RNA oder Proteine, haben eine charakteristische Struktur, bedingt durch molekulare Wechselwirkungen.
In dieser Arbeit werden zwei komparative Methoden vorgestellt die solche Wechselwirkungen bestimmen. Beide Methoden verwenden
Alignments und die dazugehoerigen Phylogenien zur Analyse. STAR-DEP untersucht sternenfoermige Phylogenien, INF-DEP bifurkierende Phylogenien.
Oft ist es schwierig wahre Wechselwirkungen von falsch positiven Wechselwirkungen zu unterscheiden. STAR-DEP und INF-DEP verwenden verschieden Strategien um die Zahl der falsch positiven zu minimieren.
Die Methode werden ueberprueft anhand von synthetischen Daten sowie einem Purine Riboswitch mRNA Alignment und einem tRNA Alignment.

Many biological sequences, like RNA or proteins, have a characteristic secondary or tertiary structure. As a consequence
inter-site association exists on the nucleotide level. That is, sites in the alignment are interacting with other sites.
We propose two methods, INF-DEP and STAR-DEP, using the parametric bootstrap that enable the detection of inter-site association from a sequence alignment incorporating the phylogeny
of the sequences. STAR-DEP investigates sequences that evolved on star phylogenies, whereas INFDEP investigates full phylogenies.
Often, however it is problematic to distinguish
true positive associations from false positive associations occurring due to random effects. Both approaches, incorporate strategies to detect false postives associations.

The developed approaches define a null model that takes into account a phylogenetic tree on which sites evolved independently. The decision is based on a chi quadrat statistics.
We validate our method for synthetic data and an alignment from bacterial mRNA containing a purine riboswitch and a tRNA Alignment.
Fachbereich / Einrichtung:Mathematisch- Naturwissenschaftliche Fakultät » WE Informatik » Bioinformatik
Dokument erstellt am:03.07.2007
Dateien geändert am:03.07.2007
Promotionsantrag am:25.04.2007
Datum der Promotion:22.06.2007
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